Tanto o lodo proveniente do tratamento biológico quanto o lodo proveniente do tratamento físico-químico são acondicionados em um tanque de lodo. Duas centrífugas trabalham constantemente para espessar esse lodo que tem inicialmente teor de sólidos entre 3 a 5%. Após centrifugação passa a ter entre 24 a 27% de sólidos. Esse lodo seco e os sólidos finos/grosseiros retirados no tratamento preliminar são descartados em aterro, atualmente, aterro Estre de Guatapará localizado no município de Guatapará em São Paulo.

A ETE produz entre 30 e 45 toneladas/dia de lodo (proveniente dos tratamentos biológico e físico-químico).