Além dessas análises realizadas pelos laboratórios do SAAE, um laboratório terceirizado é contratado para realização de análises mais complexas, conforme a exigência da legislação. O monitoramento completo da qualidade da água contempla análises de agrotóxicos, vírus entéricos, Giardia, Cryptosporidium, densidade de cianobactérias, metais, radioatividade, metais, trihalometanos (THM), etc.

Tanto os laboratórios do SAAE quanto os contratados seguem as diretrizes da ABNT NBR ISO/IEC 17025:2017.