Na sequência o esgoto passa por reatores anaeróbios de manta de lodo com fluxo ascendente (UASBs) nos quais bactérias convertem compostos orgânicos complexos em compostos orgânicos mais simples e geram lodo e gás, principalmente o metano e o H₂S. Nessa etapa são removidos de 60 a 75% de DBO, DQO e Sólidos Suspensos Totais.