No Laboratório da ETE Monjolinho são realizadas análises semanais em amostras compostas coletadas a cada 3 horas (durante 24 horas), na entrada e saída de cada etapa de tratamento, para avaliar a eficiência de tratamento. São analisados os seguintes parâmetros: pH, cor turbidez, alcalinidade, DBO, DQO, fósforo total, Sólidos Totais, Fixos e Voláteis, Sólidos Suspensos Totais, Fixos e Voláteis, Sólidos Sedimentáveis, Coliformes Totais e Escherichia coli e amônia.  Uma vez ao mês, um laboratório acreditado pelo Inmetro faz coletas na Calha Parshall de entrada e na saída da ETE para avaliar se a eficiência atende aos limites listados no Artigo 18 do Regulamento da Lei Estadual nº 997/76 aprovado pelo Decreto nº 8468/76.

O monitoramento do Rio Monjolinho é realizado mensalmente pelo laboratório da ETE, com amostras coletadas a montante e a jusante do lançamento da ETE. Os parâmetros analisados são: pH, cor, turbidez, alcalinidade, DBO, DQO, Fósforo total, Sólidos Totais, Fixos e Voláteis, Sólidos Suspensos Totais, Fixos e Voláteis, Sólidos Sedimentáveis, Coliformes Totais, Escherichia coli, amônia, nitrato, nitrito, oxigênio dissolvido e temperatura.

Uma vez ao mês, um laboratório terceirizado (acreditado pelo Inmetro) coleta amostras a montante e a jusante do lançamento da ETE no Rio Monjolinho, conforme a Resolução nº 357/05 do CONAMA.