O SAAE possui um criterioso e rigoroso monitoramento que envolve coleta de amostras de água nos mananciais que antecedem as captações superficiais, nas captações do Monjolinho e Feijão, nas 35 captações subterrâneas, nas estações de tratamento de água (Vila Pureza e CEAT), nos 50 reservatórios e na rede de distribuição. São coletadas aproximadamente 800 amostras de água ao mês. Todas essas amostras de água são submetidas a análises físico-químicas e à ensaios bacteriológicos.

São coletadas amostras de água nos mananciais que antecedem as captações superficiais, uma vez ao mês, em 7 pontos afluentes ao Monjolinho e 8 pontos afluentes ao Ribeirão Feijão, incluindo as captações. Nessas amostras são realizadas as seguintes análises: Oxigênio Dissolvido, pH, DQO, amônia, cor verdadeira, turbidez, Escherichia coli, coliformes totais, DBO, Ferro, Sólidos Totais Dissolvidos, alcalinidade, Clorofila a, cloreto, fósforo, nitrato, nitrito, sulfato, surfactantes.